医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]
2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]
2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。
科室现已整体搬至协和医院西院区，有病区2层，床位68张；科内设有常规实验室和科研实验室，可以检测近百种自身抗体，为国内的自身抗体检测中心之一。出诊医师正副教授10余人，主治医师10余人，分别在西院区普通、特需和夜门诊出诊。为全国众多风湿免疫病和疑难重症患者解决疾苦。
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》。在入榜的100家医院中，有37个是专科医院，北京协和医院位列。 [1]
2019年11月10日，复旦版《2018年度中国医院排行榜》发布，北京协和居首。 [3]
2021年11月20日，复旦版《2020年度中国医院综合排行榜》正式发布，北京协和医院稳居。
小儿发热会诊是由儿科发起，针对不明原因发热，组织多科室会诊。
会诊团队：儿科、免疫内科、感染内科、遗传检验、皮肤科、病理科、放射科等。
会诊流程：
1、符合会诊适应症的患者可由首诊医师征得患儿家属同意，开具会诊预约单，家属持预约单到会诊中心办理相关手续。
2、会诊中心工作人员将根据申请单上的要求，与家属进行沟通并办理会诊手续。
3、家属必须携带门诊或住院病历、检查报告、化验结果、影像学等全部资料，按约定时间参加会诊。
预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
会诊时间：每周三下午
会诊地点：门诊疑难病会诊中心