据医院官网2015年12月信息显示，医院设置165个临床、医技科室，233个护理单元，拥有8个国家重点学科、1个国家重点实验室、20个省部级及全军重点实验室、33个全军医学专科中心和研究所，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。同时是全军重症监护示范基地和中华护理学会的培训基地。设有国际医学中心和健康医学中心，提供高端预防保健服务。医院年门急诊量490余万人，收容19.8万人，手术近9万例。
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2019年7月由科技部、国家卫生健康委、军委后勤保障部和原食品药品监管总局正式批准依托解放军总医院第五医学中心成立国家感染性疾病临床医学研究中心。研究中心整合国内79家协作医院，针对慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相关疾病等病种，建立病程涵盖临床各个阶段的大队列，同时建立标准化的生物样本库、临床诊疗信息库及的疾病发病追踪系统，形成涵盖重大感染性疾病及各个病程的资源平台，终建立我国规范的病毒性肝炎、艾滋病临床大数据及生物样本库整合平台，形成专业的管理团队，为建立符合我国人群特点的肝病、艾滋病诊疗体系提供重要战略性资源。
在学科带头人陈香美院士带领下，肾脏病医学部1993年获批硕士学位授予点，1998年获批博士学位授予点，1999年获批博士后流动站，2007年获批集内科学（肾病）国家重点学科、2008年获批内科学（肾病）北京市重点学科。是国家卫健委、北京市住院医师规范化培训基地、专科医师培训基地，国家卫健委腹膜透析培训示范中心，全军野战内科学教学基地，中华护理学会及北京市血液净化专科护士培训基地，全军重症监护专科护士培训基地。