玻璃幕墙也存在着一些局限性，例如光污染、能耗较大等问题。但这些问题随着新材料、新技术的不断出现，正逐步纳入到建筑造型、建筑材料、建筑节能的综合研究体系中，作为一个整体的设计问题加以深入的探讨。
玻璃幕墙很容易被污染，尤其在大气含尘量较多、空气污染严重、干旱少雨的北方地区，玻璃幕墙更易蒙尘纳垢，这对城市景观而言，非但不能增“光”，反而丢“脸”。又由于一些玻璃幕墙所用材质低劣，施工质量不高，出现色泽不均匀，波纹各异，导致玻璃幕墙如同哈哈镜一般。在阳光下，每块玻璃不是显现均衡一致的光影，而是四处漫射。
玻璃幕墙渗水的原因很多，但主要是以施工与密封材料关系较大，因此应挑选技术过硬的施工方，符合国家标准的材料。以限度的降低渗水现象。光学专家的研究表明，镜面建筑物玻璃的反射光比阳光照射更强烈，其反射率高达82%—90%。夏日阳光被反射到居室中，使室温平均升高4到6摄氏度。
玻璃必须罩上不透光的防护罩，决不能直接放在太阳光下保存。堆放各类玻璃应以与垂直方向 5 °-7 °角直立放着，并斜靠在一个牢固的直壁上。所有玻璃的顶边和底边应该用油毛毡垫上，并且用保护纸板或其他油毛毡将其分开。如果玻璃是平放着的，就必须用油毛毡盖住表面，以防止灰尘、砂粒玻璃片或其他污染物。