运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。

大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。

清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。上元门水厂宿舍区平房群共用化粪池，使用人数200人，生活污水标准每人30L/d，污泥量每人0.4L/d，进入化粪池新鲜污泥含水率取95%，发酵后污泥含水率取90%，设计清掏周期选取12个月，经计算化粪池容积为21m3。

寄生虫卵一般集中在粪皮和粪渣中。所以粪管要放在寄生虫卵少的中间粪液里。过粪管应倾斜安装在两个隔墙上：一池至二池的过粪管下端位于一池的下三分之一处，上端距二池顶部约100mm从二个池塘到三个池塘的粪肥，输送管的下端位于二个池塘的下三分之一或中间一半处，上端距离三个池塘的顶部约100。粪便通过管和隔墙之间的水平角度应为60。

化粪池清理，一件事就是打开井盖，让新鲜空气进入管道一段时间，真的不好。需要提前一段时间考虑使用大功率通风设备向管道供气。另外，井下作业人员下钻时腰部要系好绳，做好必要时的应急救援准备。如果条件允许，他们还应该准备一整套防污染的橡胶服，以大限度地减少对工人的伤害。深层地下作业也必须佩戴防毒面具进行准备。此外，还有其他清洁任务，可以做到及时、清洁、彻底，不会对环境造成二次污染。