机械式冷藏集装箱也有一些缺点：如设备复杂、初始投资大、维修费用高；箱内温度梯度要大于液氮冷藏集装箱；箱内需设风机、风道系统，会增加箱内货物的干耗、脱水。
冷藏集装箱运送冻结货时通常使用温度应不高于-18℃。通常英尺冷冻集装箱，平均降温速度为31.3℃ /h（空箱）；但装货后，由于货物热容量较大，降温速度会大大减慢，有时达到设定温度要求需要15-16h。若进货温度较高，则达到设定温度需要2-3d。
冷藏冷冻集装箱箱内的温度升、降速度与箱内装载货物有关，当达到设定温度范围-18℃±3℃后，应维持其箱内温度的稳定。但在计算冷藏箱不制冷时箱内温升时，可采用如下经验公式作为标准值计算
1）冷却货（不通风时）0.0054*(tw-tn）℃/h
2）冷冻货0.0067*（tw-tn) ℃/h
式中tw和tn分别为外界温度和箱内温度℃。
⒈冷藏箱装货后应检查冷藏或冷冻货的原有质量，并在货单上加以说明。
⒉在装箱过程中，应严格装货堆码原则，避免冷风短路造成降温不平衡，降低制冷装置的制冷效率。
⒊冷冻货长距离运输时，箱内设定温度与设定温度差不能超过3℃。若运送冷却货，其温度误差应不大于0.5℃，不大于0.25℃。
⒋集装箱运送新鲜水果、蔬菜等，应及时打开新风口，进行通风换气。但运送冷冻货时，应关闭新风口。
⒌在运送纸盒包装的冷却货时，应根据室外气温及湿度情况，及时进行通风，保持箱内空气的干燥，防止包装箱外表面凝露。